工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
工程预算编制规范和标准：
《工程测量规范》GB50026-93
《土方与 工程施工及验收规范》GBJ201-83
《工程测量基本术语标准》GB/T50123-9
《建筑地基基础工程施工质量验收规范》GB50202-2020
《地下防水工程施工及验收规范》按承包合同确定的结算方式确定结算总价，在初审结算书、与承包方核对时依据合同，进行甲供材料、配合管理费及责任扣款等费用的确认、扣除；
工程预算的概念和意义工程预算：是指建筑工程施工企业在完成工程任务后，依据施工合同的有关规定，按照规定程序向建设单位收取工程价款的一项经济活动。工程预算的主体是施工企业；工程预算的目的是施工企业向建设单位索取工程款，以实现“商品销售”。由于建筑工程施工周期较长，占用资金额较大，及时工程预算对于施工企业具有十分重要的意义。1.工程预算是反映工程进度的主要指标2.工程预算是加速资金周转的重要环节3.工程预算是考核经济效益的重要指标工程价款结算方式我国现行的工程价款结算根据不同情况，可采取以下方式：1. 按月结算方式即：实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的办法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，年度结算。
工程量清单计量一般是根据每月完成的合同内实物工作量经监理工程师签认合格准予计量的工程细目，它有阶段性、按实计量的特点。根据这个特点，应在过程中来进行控制，而不是依靠事后发现超计量以后再扣回。工程预算计量人员（工地监理组、指挥部或总监办的工程部、计划部）均应认真学习合同文件和招标文件中的计量条款，心中应明确哪些项目可以计量，哪些项目不能计量，属于包含在其他工程项目中的内容（例如：涵洞计量是以延米综合单价计量的，因此其挖基、回填、清淤、基础垫层、出入口铺砌等均不能单独计量。