工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算的审核依据主要包括：
1、 有关工程建设和造价管理的法律、法规和方针政策。
2、施工图设计项目一览表、各专业施工图设计图纸和文字说明、工程地质勘察资料。
3、主管部门颁布的现行预算定额以及工程量清单计价规范。
4、施工组织设计或施工方案。
5、费用计算规则及取费标准。
6、预算工作手册或建材五金手册。
7、地区人工工资、材料及机械台班预算价格若有两次以上结算或签订两份以上合同产生两份以上结算时，在分次结算中要注意之前结算与之后结算的工程量衔接，之前结算一定要用文字或图示标（说）明已结范围和位置，之后结算要在结算前先核对之前各结算书已结时间段、位置和范围，避免重复。要求现场工程师在向成本控制中心报送资料中定要注明每次结算的实际施工位置或距离。
工程预算勘察设计费是指施工企业为进行建设工程施工所必须设置的生活和生产用的临时建筑物、构筑物的搭设、维修、拆除、清理或摊销等费用。包括施工现场采用彩色、定型钢板、砖、混凝土砌块等按照标准设置围墙、围挡等费用；临时宿舍、办公室、食堂、厨房、厕所、诊疗所、临时文化福利用房、农民工夜校、临时仓库、加工场、搅拌台、临时简易水塔、水池等费用；临时供水管道、临时供电管线、小型临时设施等费用；施工现场规定范围内临时简易道路铺设、临时排水沟、临时排水设施等费用；其他临时设施费用。
工程预算建设单位是否在招标前将该项目的招标用图纸和工程量清单（或调整工程量清单）进行了认真的对比审核。工程量清单是根据招标用图纸，按照招标文件上的各细目计量方法汇总出来的。它既是招投标时各投标单位报价的共同基础，也是合同签定后施工过程中变更、计量的基础。目前工程量清单大多由设计院或工程咨询事物所编制，没有第二家单位复核，准确度较低，如果清单量与实际施工图数量出入太大，会使合同价（或中标价）过高或过低，即使在中标以后另行调整，也会给施工单位按合同文件提请变更单价埋下伏笔。