分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
全程参与和监督分包工程预算合同价格的确定。对分包工程价格进行客观公正、实事求是地复核和测算，使分包工程合同的标底价格、中标价格及签约价格做到心中有数，遵照高质低价的原则，选择出 分包方，以利于分包工程合同的顺利签订。参与分包工程合同条款审查。审查分包工程合同条款，主要审查合同价格条款和材料供应条款及质量保修条款。审查复核分包合同签约价格或费率是否为中标价格或费率；分包合同中材料供应条款是否明确甲供料的供应方式及自购料的质量、购买程序和验收程序是否合规，竣工结算时费用的计取方式；质量责任保修年限和保修金额是否符合 相关规定。
工程预算审计副组长的职责（1）负责本专业造价管理咨询业务，指导和协调造价员的工作。（2）在项目负责人的领导下，组织本专业造价人员拟定项目跟踪审计实施细则，核查资料使用、咨询原则、计价依据、计算公式、软件使用等是否正确。（3）掌握本专业项目造价管理咨询实施状况，协调并研究解决存在的问题。（4）组织编制本专业的初步成果文件及其说明和目录。3、审计成员的职责（1）依据业务要求，执行作业计划，遵守行业标准与原则，对所承担的业务质量和进度负责。（2）根据专业造价工程师的分工要求，履行本职工作，选用正确的业务数据、计算方法、计算公式、计算程序，做到内容完整、计算准确、结果真实可靠。（3）制作真实完整的现场资料。计算建筑面积的范围（1）单层建筑物不论其高度如何，均按一层计算，其建筑面积以外墙勒脚以上的结构外围水平面积计算。注意是结构外表面，不包括粉刷、贴面等外装修。（2）高低联跨的单层建筑物，当高跨为边跨时，按勒脚上两端山墙外表面之间的水平长度乘以勒脚以上对墙表面至高跨中柱外边线的水平宽度计算；当高跨为中跨时，按勒脚以上两端山墙外表面间的水平长度乘以中柱外边线的水平宽度。
履约保函的作用是保证承包商能按合同规定承担工程的实施和完成及其缺陷修复的银行担保，其有效期至业主向承包商颁发交工之日。工程预算承包商应按在规定的期限内向业主提交履约保函，未提交之前不得对其计量。动员预付款保函的作用是对业主支付给承包商用于开工前准备工作启动资金的银行担保，按工程进度以一定比例分期从各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商应按在规定的期限内向业主提交动员预付款保函，未提交之前不得支付动员预付款。